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    大概在2000年的时候美国参议院，辩论一项有争议的法案，即变种人登记法案。变种人权利倡导者让·格雷博士在高情绪压力期间证实了突变性特征如何在青春期表现出来。

    她反对该法案。立法由狂热的，偏见的反突变参议员罗伯特凯利推动-它需要变种人向政府注册，从而揭示他们的身份和能力。

    这份限制变种人的法案得到了查尔斯教授和万磁王的一致反对。查尔斯教授主张以政治手段解决问题，而万磁王则要以力证道。

    而在加拿大阿尔伯塔省北部，小淘气玛丽遇到了金刚狼。金刚狼被认为是一个突变的“怪胎”，当他与心怀不满和失败的对手发生冲突，并暴露了他的长刀锋利的可伸缩金属爪，从酒吧被赶走。

    两人结伴前行，不料发生了一场车祸。两人被赶到的x战警救下并被带到了x学院。然而小淘气的能力被万磁王看中，想要利用小淘气达成自己的计划。

    魔形女依照万磁王的命令将小淘气从x学院掳走，实行了万磁王的计划----把整个世界的各国首脑变成变种人。

    金刚狼和x战警一起毁灭了万磁王的阴谋，然后把万磁王关在了塑料监狱里。

    罗根为了找回自己过去的记忆离开了x教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心，另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像，万磁王则继续在x教授精心打造的塑料监狱中服刑。

    在一次针对美国总统的惊天刺杀行动中，具有瞬间移动和隐性能力的新类型变种人--蓝魔鬼的现身，不但再度引起政府和社会上对变种人的抵触情绪，更掀起了一场来势汹汹动机不纯的反变种人运动。

    在白宫内，一向敌视变种人威廉·史崔克将军与参议员罗伯特·凯利，正与总统筹划展开针对变种人总部x学院的武力行动。而总统身边的助手，秘密化名安妮·瑞诺德斯的变种人--死亡女，也有着不为人知的秘密打算。

    x教授这边，金刚狼在艾卡里湖的调查一无所获，只有先返回x学院助阵。集合了力量的x教授希望通过自己的超能力，找到刺杀总统的新类型变种人蓝魔鬼。

    但是，蓝魔鬼的特殊能力使他散发出的变种人信号非常微弱，连x教授也无法找到他的确切位置，只能模糊地感觉到其人应该身处波士顿附近。


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